pytfa
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Contents:

  • 1. Quick start
  • 2. pyTFA models
  • 3. Thermodynamic Databases
  • 4. Solver setup
  • 5. Integrating metabolomics
  • 6. API Reference
pytfa
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  • 6. API Reference
  • Edit on GitHub

6. API ReferenceΒΆ

This page contains auto-generated API reference documentation 1.

  • 6.1. pytfa
    • 6.1.1.1. pytfa.analysis
      • 6.1.1.1.1.1. pytfa.analysis.chebyshev
      • 6.1.1.1.1.2. pytfa.analysis.manipulation
      • 6.1.1.1.1.3. pytfa.analysis.sampling
      • 6.1.1.1.1.4. pytfa.analysis.variability
    • 6.1.1.2. pytfa.core
    • 6.1.1.3. pytfa.io
      • 6.1.1.3.1.1. pytfa.io.base
      • 6.1.1.3.1.2. pytfa.io.dict
      • 6.1.1.3.1.3. pytfa.io.enrichment
      • 6.1.1.3.1.4. pytfa.io.json
      • 6.1.1.3.1.5. pytfa.io.plotting
      • 6.1.1.3.1.6. pytfa.io.viz
    • 6.1.1.4. pytfa.optim
      • 6.1.1.4.1.1. pytfa.optim.config
      • 6.1.1.4.1.2. pytfa.optim.constraints
      • 6.1.1.4.1.3. pytfa.optim.debugging
      • 6.1.1.4.1.4. pytfa.optim.meta
      • 6.1.1.4.1.5. pytfa.optim.reformulation
      • 6.1.1.4.1.6. pytfa.optim.relaxation
      • 6.1.1.4.1.7. pytfa.optim.utils
      • 6.1.1.4.1.8. pytfa.optim.variables
    • 6.1.1.5. pytfa.redgem
      • 6.1.1.5.1.1. pytfa.redgem.debugging
      • 6.1.1.5.1.2. pytfa.redgem.lumpgem
      • 6.1.1.5.1.3. pytfa.redgem.network_expansion
      • 6.1.1.5.1.4. pytfa.redgem.redgem
      • 6.1.1.5.1.5. pytfa.redgem.utils
    • 6.1.1.6. pytfa.thermo
      • 6.1.1.6.1.1. pytfa.thermo.equilibrator
      • 6.1.1.6.1.2. pytfa.thermo.metabolite
      • 6.1.1.6.1.3. pytfa.thermo.reaction
      • 6.1.1.6.1.4. pytfa.thermo.std
      • 6.1.1.6.1.5. pytfa.thermo.tmodel
      • 6.1.1.6.1.6. pytfa.thermo.utils
    • 6.1.1.7. pytfa.utils
      • 6.1.1.7.1.1. pytfa.utils.logger
      • 6.1.1.7.1.2. pytfa.utils.numerics
      • 6.1.1.7.1.3. pytfa.utils.str
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